Nel 1984 vennero istituite le prime scuole di specializzazione della Facoltà di Medicina e chirurgia, progressivamente aumentate fino alle attuali trentacinque. Nell`anno accademico 1986-87 venne istituito il Corso di laurea in Ingegneria civile, mentre quello in Odontoiatria e protesi dentaria, previsto dalla legge istitutiva, veniva attivato nell`anno accademico 1988-89, una volta disponibile la struttura necessaria presso gli Spedali civili. Con l`anno accademico 1990-91 veniva istituito il Corso di laurea in Ingegneria elettronica, mentre l`anno seguente quello di Ingegneria gestionale. Un primo, e per il momento unico, ampliamento delle facoltà si ha nel 1996 con l`istituzione della Facoltà di Giurisprudenza, fortemente stimolata dall`essere Brescia sede di Corte d`Appello e di Tribunale amministrativo regionale e risultante dalla trasformazione in Facoltà del corrispondente Corso di laurea, attivato presso la Facoltà di Economia dall`anno accademico 1990-91.
Nel frattempo si andava delineando la politica di acquisizione di nuove sedi da parte dell`Ateneo bresciano e di dislocazione sul territorio delle diverse facoltà. La scelta urbanistica che sin dall`inizio - in totale accordo con il Comune capoluogo - ha caratterizzato l`insediamento della nuova Università è stata infatti quella di mantenere separati gli insediamenti di Medicina e Ingegneria - ubicati a nord della città, in sedi appositamente costruite per ospitare oltre le aule e gli uffici dei docenti anche i laboratori di ricerca necessari per facoltà scientifiche - e quelli di Economia e Giurisprudenza, bisognosi di spazi più contenuti e collocati - anche con finalità di riqualificazione edilizia e sociale - nel cuore del centro storico cittadino (il quartiere del Carmine). Come sedi di queste ultime, sono state così condotte nel corso degli anni novanta importanti acquisizioni di prestigiosi edifici storici, tra cui: l`ex Convento di San Faustino, dal 1997 sede di alcuni dipartimenti della Facoltà di Economia e delle segreterie didattiche dell`Ateneo; il complesso di S. Chiara, inaugurato nel 2001, sede delle aule didattiche e di altri dipartimenti della stessa Facoltà di Economia; palazzo Calini ai Fiumi, dal 1999 sede della neonata Facoltà di Giurisprudenza. Per quanto riguarda il polo scientifico collocato a nord della città, vi si trovano la struttura della Facoltà di Medicina, appositamente costruita fin dal 1971 dall`Eulo nell`area adiacente l`ospedale e recentemente più che raddoppiata, e la nuova sede della Facoltà di Ingegneria, inaugurata nel 1992 e recentemente ampliata.
A seguito della recente riforma degli ordinamenti didattici, l`Ateneo bresciano ha ridisegnato il proprio assetto didattico, con un`offerta formativa che prevede complessivamente 24 corsi di laurea (tredici per Medicina, sette per Ingegneria, tre per Economia e uno per Giurisprudenza). Completano l`offerta formativa quattro corsi di laurea magistrale a ciclo unico (due della Facoltà di Medicina, uno di Ingegneria e uno di Giurisprudenza), diciassette corsi di laurea magistrale (tre di Economia, dieci di Ingegneria e quattro di Medicina e chirurgia), tre master universitari, quarantadue scuole di specializzazione e ventitre corsi di dottorato con sede amministrativa presso l`Università degli studi di Brescia.
La popolazione studentesca è attualmente di circa 14.000 iscritti, mentre il corpo docente è formato da 565 professori di prima e seconda fascia e ricercatori.